Hallo (a)MiGo,
Fress- oder auch Klemmspuren nach einer vollständigen Überholung können schon mal vorkommen. Vor allem, wenn z.B. ein GPM-Kolben verwendet wurde, der vorher nicht ordentlich getempert wurde ("gebranntes-Kind-Modus EIN": man nennt den GPM nicht umsonst auch den "Hefekolben"...

"gebranntes-Kind-Modus" AUS). Oder auch, wenn Kolben und Zylinder nicht aufeinander passend geschliffen wurden. Oder wenn auf Einfahren der neuen Teile verzichtet wurde. Oder, oder, oder...
Wie auch immer - oft ist ein kleiner Klemmer ein Schaden, mit dem man auch leben kann; das kann man nicht allgemeingültig sagen. "Gut ist das nicht, kann aber trotzdem manchmal so bleiben" wirst Du vermutlich von den Spezialisten zu hören bekommen. Ohne das aber genau begutachtet zu haben, bleibt es ein Ratespiel.
Ich würde den Kopf und den Zylinder auf jeden Fall noch einmal abnehmen, um den Schaden genau prüfen zu können. Es kann nämlich auch sein, dass sich (im Zuge des Klemmers/Fressers oder auch unabhängig davon) ein Kolbenring verabschiedet hat. Das darf dann natürlich auf keinen Fall so bleiben.
Kleiner Nebeneffekt der Demontage: bei abgenommenem Zylinder kommst Du auch besser mit einem Magneten in den Innenraum.
Wäre es mein Motor, würde ich zuerst mal das Öl ablassen - vielleicht findet sich die Mutter dann schon. Dann würde ich sorgfältig mit einem Magneten nach der Mutter suchen. Schließlich könnte man noch den Motor aus dem Rahmen nehmen und ihn dann auf den Kopf stellen (und hoffen, dass die Mutter bei dieser Aktion herausfällt - dabei unbedingt darauf achten, dass die Stehbolzen und/oder der Kolben nicht beschädigt werden).
Was auch sein könnte: hast Du denn geprüft, ob das Ventilspiel noch stimmt? Es ist möglich, dass sich das Ventilspiel verstellt hat (wenn schon die Kipphebelbefestigung nicht ordentlich gemacht wurde, kann es durchaus auch sein, dass bei die Kontermuttern bei der Ventileinstellung nicht korrekt angezogen wurden). Das könnte sich auch negativ auf die Kompression auswirken.
Also zusammenfassend mein Rat: Laut fluchen, tief durchatmen, eine Nacht drüber schlafen, in einen sauren Apfel beißen und wenigstens Kopf und Zylinder zur Diagnose abnehmen. Fotos des Schadens kannst Du dann auch hier ins Forum stellen - dann bekommst Du sicherlich ein paar gute Einschätzungen zur Schadenhöhe und zu geeigneten nächsten Schritten. Und natürlich die Aktion mit dem Magneten (aber nicht auch noch den Magneten im Kurbeltrieb verlieren).
Ob Du dann noch den nächsten Schritt gehen magst und die Mutter um jeden Preis bergen möchtest, überlasse ich Dir. Ich würde nicht mit einer Mutter irgendwo im Kurbeltrieb herumfahren wollen - aber das musst Du bzw. Dein Kumpel selbst entscheiden (da muss jeder wissen, wie risikofreudig er ist - kann gut gehen, kann schief gehen).
Viel Erfolg,
Bernd